鄂尔多斯市蒙医医院始建于1979年，是一所集蒙医医疗、科研、教学、蒙药制剂为一体的国家三级甲等蒙医综合医院。医院设为一院三部，总建筑面积63112平方米，现有在岗职工499人（其中包含临聘人员88人），其中卫生技术人员423人，占全院职工的82.7%。其中高级84人，中级136人。医院设置床位480张，设有临床科室29个、医技科室9个，并有独立的蒙药实验室和蒙药制剂中心。有国家级重点专科建设项目1个（传统疗术科），自治区蒙医重点专科建设项目5个（传统疗术科、皮肤科、心身医学科、康复科、消化病科），市级重点专科建设项目7个（传统疗术科、皮肤科、脑病科、康复科、内儿科、妇科、骨伤科）。有自治区重点学科1个（茶酒疗法），自治区重点学科建设项目3个（传统疗术学、蒙医皮肤病学、蒙药学）。