仁济医院有多个国家重点实验室，国家自然基金(重大、重点项目)等，如消化科、风湿免疫科、泌尿科、妇产科等特色科室。

　　风湿免疫科是上海市风湿病学临床医学中心、上海市教委特色学科、上海交通大学重点学科，拥有上海市风湿免疫病学研究所，入选国家临床重点专科建设项目;仁济医院消化科系国家重点学科牵头单位、国家临床重点专科(卫生部重点实验室)、国家211工程重点学科、上海市重点学科(消化内科，优势学科)、卫生部消化内科重点实验室。

　　仁济医院健康保健中心前身为仁济医院体检中心，成立于2002年，2009年正式更名为健康保健中心，目前坐落于仁济西院五号楼二楼，总面积达800平方米，每日接纳人数为180人至200人，是目前上海市健康管理示范基地及旗舰单位。中心依托仁济医院雄厚的医疗实力，凭借经验丰富的专业医疗组，先进尖端的医疗设备，优雅舒适的环境，国际水准的健康信息管理平台以及人性化的服务理念，为客户提供一流的健康管理服务。