新疆医科大学附属肿瘤医院成立于1989年；1993年新疆维吾尔自治区肿瘤防治研究所院所合一。2004年批准为新疆医科大学第三临床医学院及新疆维吾尔自治区肿瘤防治中心。新疆医科大学附属肿瘤医院是自治区癌症中心，是中山大学肿瘤防治中心新疆中心，是中山大学孙逸仙纪念医院逸仙乳腺肿瘤医院新疆医院，是新疆唯一一所集医教研防于一体的三级甲等肿瘤专科医院。

医院现开放床位1650张，设40个临床科室，16个医技科室和34个职能单元。在岗职工2130人，其中高级专业技术人员304人，硕士及以上学位698人，博士生导师29人，硕士生导师89人。享受国务院政府特殊津贴专家9人，入选国家百千万人才工程1人，自治区有突出贡献专家6人，院级名医29人，单病种首席专家7人，学科带头人13名，学术带头人38名。

2021年医院荣获“全国五一劳动奖状”。2020年医院获评自治区党建工作“标杆院系”。目前，医院有教育部高校“双带头人”教师党支部书记工作室1个、自治区高校“双带头人”教师党支部书记工作室3个、自治区党建工作“样板支部”1个。

医院拥有人社部博士后科研工作站，国家级住院医师规范化培训基地（含10个专业基地），教育部省部共建重点实验室，科技部新疆肿瘤学国际合作研究中心，新疆肿瘤学重点实验室，中国医学科学院（院外）肿瘤免疫与放疗研究重点实验室，国家药物临床试验机构。