福建医科大学附属第二医院始建于1881年，原名“惠世医院”，为英国教会医院。1973年整建制划归福建医科大学，更名为福建医科大学附属第二医院。医院是福建省首批通过卫生部评审的四家三级甲等综合医院之一，是我省主要的医疗、教学、科研、毕业后教育基地之一，是博士、硕士研究生学位授权点单位、国家级博士后科研工作站，是国家省级区域医疗中心、国家呼吸治疗重点专科、福建省呼吸医学中心。医院在全国三级公立医院绩效考核评价中连续两年进入全国前10%，等级A+。医院荣获第六届“全国文明单位”荣誉称号。

医院获颁国家人力资源和社会保障部博士后科研工作站，是国家药物临床试验机构，与美国Salus大学合作成立国际联合低视力康复教育中心，入选全国首批专科医师规范化培训基地、中国医师协会呼吸内镜医师培训基地、国家呼吸临床研究中心核心成员单位、福建省呼吸系统疾病介入诊疗临床医学研究中心、PCCM专科医师规范化进修基地，获全国首批PCCM科规范化建设三级医院优秀单位。是中国辅助技术研究所视障辅助技术研究中心、睡眠医学省高校重点实验室、福建省低视力康复指导组、福建省视障康复技术指导中心；获国家级皮肤医疗美容示范基地、中国心衰中心认证单位、全国临床药师培训基地、国家卫健委心血管介入冠脉培训基地、中国医师协会冠脉介入培训基地、国家卫计委脑防委高级卒中中心、中国胸痛中心认证成员单位、中国高血压达标中心、中国房颤中心的示范中心、中国肺癌联盟肺结节诊治分中心、国家标准化代谢性疾病管理中心、国家痛风规范诊治中心、全国静脉血栓防治中心优秀单位、国家药品不良反应中心哨点医院等，人类生殖辅助技术IVF通过国家资质评审，是中国妇幼保健协会“母婴友好医院”、福建省产前诊断中心、泉州市疑难急危重症和孕产妇抢救中心等。