北京普祥中医肿瘤医院始建于2006年，原名“北京亦庄中医肿瘤医院”，2006年6月，经北京市卫生局批准正式更名为北京普祥中医肿瘤医院，2006年12月，经北京市劳动和社会保障局批准，成为北京市医疗保险定点医疗机构；2007年6月，被中医药管理局正式批准为二级中医专科肿瘤医院，是一所集医疗、教学、科研、预防保健为一体，以中医为特色的肿瘤专科民营二级医院。

　　医院拥有的肿瘤专家团队，在中医肿瘤的研发和治疗上有较深的造诣，采用以人为本的中西医治疗方案，其中有恶性肿瘤的中医治疗，恶性肿瘤规范化化疗，以及肿瘤患者的家属心理干预治疗，恶性肿瘤治疗药物个体化筛选、治疗预测与评估。
　　医院不仅着重加大肿瘤专科建设，还增设中医科、肿瘤科、中医理疗科等科室。并制定了与其对应的定位和发展目标，完善了肿瘤科建设发展规划和工作计划。肿瘤科针对各种肿瘤难症制定了具有中医特色的诊疗方案，并定期对其实施情况与与临床疗效进行评估与总结。从而加强了以中医为核心，中西医结合治疗肿瘤的特色专科内涵建设，为打造我院中医治疗肿瘤特色品牌奠定了良好的基础。